Za uporabo platforme potrebujete brskalnik, ki omogoa JavaScript!

Navodila za uporabo knjižnice spojin


Uvod

Knjižnica spojin na UL-FKKT temelji na podatkovni zbirki MolDB6, ki jo je zasnoval prof. Norbert Heider iz Univerze na Dunaju.
MolDB6 je primer relacijske podatkovne baze, ki je osnovana na prosti programski kodi:

Prednost te podatkovne baze je dostopnost programske kode, ki jo lahko po potrebi prosto nadgrajujemo, spreminjamo, itd . Vse potrebne informacije za izgradnjo MolDB6: http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/moldb6.html Predstavitev podatkovne zbirke MolDB6: http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/moldb.pdf


Začetna stran


Na začetni strani lahko uporabnik na seznamu izbere zbirko podatkov in klikne gumb "Uporabi izbiro". Vse možnosti iskanja so na voljo prek navigacijske vrstice na vrhu strani.


Brskanje


Vse izbrane zbirke podatkov so na voljo na tej strani z uporabo standardnih navigacijskih elementov. Sestavljene strukture so prikazane grafično, skupaj z imeni spojin in številko ID (mol_id). Slednja predstavlja hiperpovezavo do podrobnega pogleda tega določenega vnosa.


Iskanje besedila


Obstaja preprosto orodje za iskanje besedila, ki privzeto išče samo polje "mol_name". Iskalni izrazi ne razlikujejo med velikimi in malimi črkami, kot nadomestni znak lahko uporabite simbol "%" ali "*". Z izbiro možnosti "vključi druga polja, ki jih je mogoče iskati", lahko razširite iskanje na vsa besedilna polja, ki jih je skrbnik določil kot "iskalna" (glejte spodaj). Na voljo je tudi napredna možnost iskanja besedila, ki omogoča vnos iskalnih izrazov za vsako posamezno podatkovno polje, ki ga je mogoče iskati (te izraze lahko kombinirate z logičnimi operatorji AND ali OR). Funkcijo naprednega iskanja besedila je po naravi mogoče uporabiti le, če uporabnik izbere eno zbirko podatkov.


Iskanje po funkcionalnih skupinah


Ta možnost iskanja uporablja funkcije checkmola za prepoznavanje približno 200 različnih funkcionalnih skupin. Kategorizacija spojin se izvede, če ob vnosu v bazo podatkov. S pritiskom na tipko med klikom na želene elemente lahko s seznama izberete več funkcijskih skupin.


Iskanje po strukturi


To je osrednji iskalni obrazec, ki omogoča natančno iskanje, iskanje podstrukture in iskanje podobnosti. Vhodna struktura mora vsebovati vsaj tri atome. Če dobimo pri iskanju preveč zadetkov, so na voljo potrditvena polja za natančnejše načine iskanja (stroga primerjava vrste atom / vez, preverjanje geometrije). Namesto risanja strukture poizvedbe jo je mogoče vnesti kot besedilo v pojavno okno (v obliki datoteke MDL molfile).


LICENCA

Copyright © 2014-2021 Norbert Haider, University of Vienna Ta program je brezplačna programska oprema: lahko ga znova distribuirate in/ali spremenite pod pogoji splošne javne licence GNU, kot jo je objavila Fundacija za prosto programsko opremo; različica 3. Ta program se distribuira v upanju, da bo koristen, vendar BREZ KAKRŠNEGA KOLI JAMSTVA. Za več podrobnosti glejte splošno javno licenco GNU: http://www.gnu.org/licenses/.